Manusia-manusia pertama yang tiba di Nusantara adalah leluhur orang Papua masa kini.
Ada dua ras berbeda yang mendiami Kepulauan Nusantara. Ras Mongoloid menempati bagian barat dan utara. Sementara di timur dan selatan ditinggali ras Australomelanesid. Secara fisik, keduanya dengan mudah dapat dibedakan. Orang Papua mewakili ras Australomelanesid. Sementara orang Melayu mewakili ras Mongoloid. Namun, leluhur orang Papua yang tertua tiba di Nusantara.
Keberadaannya bisa ditarik mundur sampai masa Homo sapiens atau manusia yang secara anatomis modern, bermigrasi keluar dari Afrika. Harry Widianto, kepala riset Balai Arkeologi Yogyakarta, menjelaskan berdasarkan bukti paleoantropologis, sampai kini benua Afrika masih dipercaya sebagai sumber asal dan tempat evolusi hominid. Homo sapiens diperkirakan mulai menyebar keluar dari benua itu sejak 100.000-300.000 tahun yang lalu.
Dengan menyusuri garis pantai dari Afrika, mereka berjalan kaki hingga kawasan Asia Tenggara. Secara berkelompok mereka menyusuri garis pantai dari Afrika sampai Nusantara dengan memanfaatkan jembatan darat yang menggabungkan Sumatra, Kalimantan, dan Jawa. Mereka lalu bergerak ke Halmahera sampai ke wilayah Papua. Merekalah yang kemudian disebut ras Melanesia.
“Ini garis keturunan langsung dan bertahan sampai sekarang. Cirinya rambut merah, keriting. Ini diturunkan sampai sekarang di Papua dan Halmahera,” kata Harry yang ditemui dalam diskusi “Jejak Manusia Nusantara” di Museum Nasional, Jakarta, Selasa (5/11/2019).
Bukti penjelajahan manusia modern awal itu di Nusantara ditemukan di Lida Ajer, Sumatra Barat berupa gigi dari 73.000-63.000 tahun yang lalu. Kemudian di Indonesia bagian timur berupa alat-alat batu berumur 45.000-20.000 tahun yang lalu.
“Manusia modern awal ini yang kemudian menurunkan ras Australomelanesid yang segera menyebar ke seluruh Kepulauan Nusantara sejak 15.000 tahun yang lalu,” kata Harry.
Populasi ras Melanesia awalnya menjelajah dari kawasan inti mereka di sekitar Nugini, termasuk di Kepulauan Bismarck di pantai timur laut Nugini, Samudra Pasifik, hingga sampai ke Australia Tenggara. Populasi ini hidup di Australia sampai 30.000 tahun yang lalu. Dari sana barulah beberapa bermigrasi sampai ke Nusa Tenggara, Jawa, dan Kalimantan pada 15.000-5.000 tahun yang lalu. Mereka inilah ras Australomelanesid.
“Cirinya berbadan kekar, kepala lonjong, gigi maju. Mereka menghuni gua lalu hilang pada 5.000 tahun lalu,” jelas dia lagi.
Ras Australomelanesid segera menguasai hampir seluruh wilayah Kepulauan Nusantara hingga 5.000 tahun yang lalu. Menrut Harry, mereka kemudian menjadi satu ras yang cukup besar, Mereka hidup di gua-gua Jawa Timur, Jawa Tengah, DI Yogyakarta, Sumatra, Kalimantan, Nusa Tenggara Barat, dan Timur. Orang-orang ini juga punya kebiasaan menguburkan kerabatnya yang mati dengan sistem penguburan terlipat.
“Seperti janin di dalam perut ibu,” kata Harry.
Peter Bellwood dalam Prasejarah Kepulauan Indo-Malaysia juga menjelaskan Daratan Sunda, Wallacea, dan Daratan Sahul merupakan wilayah yang bisa dikatakan sebagai kawasan Melanesia Lama. Populasi yang dulunya menempati kawasan itu merupakan leluhur orang-orang di Australia dan Melanesia modern. Melanesia mencakup gugus kepulauan yang memanjang dari Papua dan Aru lalu ke timur sampai Pasifik bagian barat, serta utara dan timur laut Australia
“Jadi orang Papua itu justru keturunan manusia modern yang 70.000 tahun lalu tiba di Nusantara yang kemudian menghasilkan Australomelanesid,” kata Harry. “Sementara orang Nusa Tenggara adalah keturunan langsung dari Papua. Papua itu sulung. Paling tua (leluhurnya, red.).”
Populasi awal yang mendiami Nusantara kala itu pun terus menerus berevolusi menjadi kelompok yang beragam. Mereka mengalami perubahan tertentu, yaitu semakin mungilnya wajah dan tengkorak.
“Saya curiga bahwa perubahan karena tekanan seleksi setempat mungkin juga berperan penting, walaupun proses ini tak terekam dalam perubahan budayanya,” tulis Bellwood.
Kendati begitu, kelompok itu secara fenotip tetap Australomelanesid. Beberapa di antaranya bahkan tetap bertahan hingga kini. Mereka adalah orang-orang Indonesia yang menghuni bagian timur.
Sementara pada 5.000 tahun yang lalu sekelompok manusia modern lainnya datang dari utara menuju Kepulauan Nusantara. Merekalah ras Mongoloid, atau yang secara khusus disebut para penutur Austronesia. Mereka berpindah ke selatan dari Taiwan pada 5.000 tahun yang lalu dan tiba di Nusantara dan Filipina pada 4.000 tahun yang lalu. Mereka lalu menduduki daerah-daerah yang sudah pernah ditinggali populasi Australomelanesid.
Populasi ras Mongoloid itu kemudian bercampur dengan sebagian ras Australomelanesid yang masih bertahan. Mereka terutama yang hidup di wilayah Wallacea, seperti Sulawesi dan Nusa Tenggara. Karenanya kini orang-orang di wilayah Nusa Tenggara merupakan hasil percampuran Australomelanesid dan Mongoloid.
“Tentu saja sebaiknya kita senantiasa ingat bahwa semua bukti ini menunjukkan bahwa banyak di antara populasi Mongoloid yang sekarang tinggal di Indonesia dan Malaysia juga mempunyai banyak warisan genetik Australomelanesid,” tulis Bellwood.
Bukti lain bahwa Australomelanesid masih bertahan ketika ras Mongoloid datang adalah temuan di Gua Harimau, Sumatra Selatan. Dari 82 rangka manusia yang ditemukan, 77 di antaranya adalah ras Mongoloid dan lima lainnya Australomelanesid.
“Di situ hidup bersama, co-habitation namanya, di Gua Harimau pada 3.500 tahun lalu. Ini membuktikan bahwa ras Australomelanesid masih bertahan di Sumatra ketika Mongoloid datang. Tapi mereka tidak berkawin. Karena di situ terpisah ditemukannya, tidak seperti penduduk Nusa Tenggara sekarang,” kata Harry.
Pada perkembangannya, Mongoloid, yaitu penutur Austronesia, menghuni kawasan Indonesia barat. Sementara Austromelanesid bergeser sedikit demi sedikit menghuni kawasan Indonesia timur. Kendati begitu, desakan migrasi penutur Austronesia itu tidak sampai ke pedalaman Papua. Karenanya karakter Melanesia yang lebih asli masih dijumpai di pedalaman Papua.
“Papua dan Nusa Tenggara secara genom berlainan dari kita. Jadi kalau sekarang fisiknya lain. Tapi kita semua kalau dibedah ya sama, asalnya dari pohon evolusi yang sama, Homo sapiens yang bergerak keluar dari Afrika,” lanjut Harry.